Bezpośrednio poniżej wzgórza wzrokowego leży część zwana podwzgórzem. Część ta stanowi zaledwie 0,29% masy całego mózgowia, ale zawiera liczne ośrodki kierujące szeregiem bardzo ważnych czynności organizmu. Nie wchodząc w niezwykle złożoną budowę podwzgórza, powiemy tylko, że składa się ono ze skupisk komórek nerwowych (jąder), do których docierają włókna przewodzące impulsy do innych części pnia mózgu, a także do przysadki mózgowej. Czynność podwzgórza nie została do dnia dzisiejszego poznana w całości, ale na podstawie posiadanych danych można sądzić, że znajdują się tu ośrodki kierujące złożonymi czynnościami ruchowymi, związanymi z reakcjami obronnymi i emocjonalnymi, takimi jak agresywność, strach, gniew. Obok tego ośrodki podwzgórza wpływają na wiele procesów chemicznych zachodzących w organizmie, oraz na wzrost i rozwój. Podwzgórze wysyła impulsy do przysadki mózgowej i w związku z tym niektóre jego czynności są realizowane za jej pośrednictwem. Wzrost organizmu zależy od działania hormonu wzrostowego, zwanego somatotropiną, a rozwój płciowy i prawidłowa czynność układu płciowego — od hormonów gonadotropowych. Dokładne wiadomości czynności przysadki i hormonów znajdzie Czytelnik w części: „Co to są hormony?" Wymienione dane otrzymano w drodze żmudnych niezwykle precyzyjnych badań doświadczalnych, w których uszkadzano lub pobudzano poszczególne grupy komórek nerwowych w podwzgórzu. Badania te polegały na wstrzykiwaniu do podwzgórza za pomocą cienkich igieł znikomych ilości różnych substancji chemicznych, mających zdolność pobudzania lub niszczenia komórek nerwowych. Pamiętamy, że podwzgórze wysyła impulsy do przysadki mózgowej, która jest z nim ściśle związana anatomicznie i czynnościowo. Związek ten został podkreślony w części poświęconej gruczołom do-krewnym i wrócimy do niego jeszcze w jednym z następnych rozdziałów. Na zakończenie omawiania pnia mózgu przyjrzyjmy się dla przypomnienia rysunkowi schematycznemu przedstawiającemu dotychczas omówione części mózgu z zaznaczonymi najważniejszymi ośrodkami.